P. 1
Molecular biology of the cell H1 tm 8 - Alberts

Molecular biology of the cell H1 tm 8 - Alberts

|Views: 48|Likes:
Published by Stuvia.com

More info:

Published by: Stuvia.com on Jul 20, 2013
Copyright:Traditional Copyright: All rights reserved
List Price: $9.85 Buy Now

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
See more
See less

03/23/2014

$9.85

USD

pdf

Samenvatting Molecular Biology of the cell H1 t/m 8

H1: Cells and Genomes DNA replicatie: verdubbelen DNA Eiwitsynthese: -Transcriptie: DNA kopiëren naar RNA 1. DNA strengen uit elkaar 2. Enzym RNA-polymerase leest één van de DNA strengen (template) af (3’ naar 5’) a. Groei gaat van 5’ naar 3’ 3. In kernplasma zitten nucleotiden voor RNA -Translatie: ribosoom maken 1. mRNA op 5’ uiteinde; verschuift naar startcodon 2. tRNA dat bij startcodon hoort koppelt vast 3. Verlenging; groeiende polypeptideketen 4. Ontkoppelingsfactor Anticodon bindt aan bijbehorende codon op mRNA, dan wordt het aminozuur door het ribosoom gekoppeld aan het groeiende keten van het eiwit. Transporteiwit: van laag naar hoge concentratie. Kost de cel energie “ actief transport” - Ionen, organische moleculen (glucose, aminozuren) Diffusie: van hoge naar lage concentratie. “passief transport” - Kleine moleculen zonder lading

Organotrophic = krijgen voedsel via andere levende dingen, of organische stoffen die ze produceren (dieren/schimmels) Phototrophic = voedsel door zonlicht (plant/bacterie) Lithotrophic = voedsel van anorganische chemicaliën (iets wat niet leeft) (microscopische organismen) Eukaryoten & prokaryoten - Prokaryoten: celwand, ribosomen, DNA, cytoplasma o Bacteria o Archaea Mutaties en natuurlijke selectie 1. Intragenic mutatie = kleine verandering 2. Gene duplication = gekopieerd 3. Segment shuffling = crossing over 4. Horizontal transfer = stuk DNA van ene cel naar andere a. Normaal: vertical transfer (ouder op kind) Orthologs: gen(en) van dezelfde voorouder zitten in verschillende soorten Paralogs: een gen is gekopieerd en heeft 2 verschillende functies in het genoom Homolog: paralog en ortholog Cytoskeleton: eiwitvezels die de cel stekte en vorm geven, zorgt voor beweging CD-rom code: <gtta>, <atgg> en <tcgc> Fagocytose = opnemen in de cel Het begin bij eukaryoot dat predator was en andere cellen op eette Mitochondria: maakt ATP - Eigen genoom, ribosomen, transfer RNA Chloroplasten: bladgroenkorrels etc. - Eigen genoom Haploide cellen: één exemplaar van elk chromosoom (geslachtscel) Diploide cellen: twee exemplaren Genetic redundancy: fenomeen dat overeenkomstige genen er op wijzen dat we eens allemaal gelijk waren. H2: Cell chemistry and biosynthesis Atoommassa: aantal protonen + neutronen Molecuulmassa: massa van alle atomen opgeteld Avogadro´s getal: één gram proton/neutron = 6*1023 atomen (= 1 mol) Electronenschillen: K= 2, L=8, M=18, - Stabiel als schil vol zit - Buitenste schil niet vol, elektronen opnemen/afgeven of delen (valentie) Covalente binding: 2 atomen delen een paar elektronen (=atoombinding) - Polaire covalente binding: ene atoom electronegatiever dan de ander Ionbinding: elektronen worden afgegeven ven ene atoom naar andere. Sterk in vacuum; niet in water

S. .Valentie: aantal elektronen dat atoom kan opnemen/afstaan Bindingslengte: gemiddelde afstand tussen kernen van 2 gebonden atomen Bindingssterkte: hoeveelheid kracht nodig is om de binding te breken (kcal/mol) H-brug: H gebonden met O. andere kant beetje positief. N. RNA. sterker. driedimensionale werking) Polaire binding: gemeenschappelijk elektronenpaar dat stukje naar de kant van het meest electronegatieve element is verschoven. of F (zwakke binding) Aantal missende elektronen in de schil zijn de aantal te vormen bindingen (covalentie) Enkele binding: covalente binding met 2 elektronen Dubbele binding: covalente binding met 4 elektronen (korter.Reageren met OH groep. Dipoolmolecuul: ene kant beetje negatief. DNA. OH en OH-groep ander suikermolecuul. eiwitten .Hydrolyse is omgekeerde van een condensatiereactie Verzadigd: enkele binding Onverzadigd: dubbele binding .Vorming van suikers.lading mag niet samenvallen Van der Waalskracht: moleculen trekken elkaar aan . vorming ringstructuur . aminozuren.D-vorm: draait naar rechts .Voorwaarden o Minstens één polaire binding o Centra +/.Van der Waals straal: electronwolk dat voorkomt dat een ander niet-gebonden atoom dichterbij komt Hydrofiel: suikers. eiwitten Hydrofobe kracht: door duwen van niet polaire oppervlakten buiten het waterstofbruggen netwerk Monomeer: enkelvoudige organische verbinding . vorming disacharide + H2O Nucleoside: deoxyribose + base Nucelotide: fosfaat – deoxyribose – base Condensatiereactie: reactie waarbij 2 of meer moleculen aan elkaar gekoppeld worden onder afsplitsing van een klein molecuul …-OH H-… .L-vorm: draait naar links Optische isomeren: links/rechts draaiend Figuur 2-18: Open vorm suiker: aldehyde of ketongroep .Voorbeeld: monosachariden (CH2O)n Dimeer: 2 monomeren .Ringstructuur.

Lange koolstofketen.H-bruggen . triglyceride (hydrofoob) . kan een micel vormen Fosfolipide membraan: hydrofobe staart en hydrofiele kop . behalve glycine. denaturiseren 1. carboxylzuur Peptidebinding: CO-NH Alle aminozuren.Onoplosbaar in water.Ionbindingen . STRUCTUREN AMINOZUREN Polypeptide vouwt zo dat de hydrofiele delen aan de buitenkant zitten den hydrofobe delen aan de binnenkant Eiwit.Lipiden: vetzuren. maar oplosbaar in vet en organische oplosmiddelen als benzeen.Celmembraan Aminozuur NH2 – CR – COOH aminogroep.Hydrofoon en hydrofiel samen in 1 molecuul = Amfifiel Figuur 2-22 Lipide bilaag: fosfolipiden die staart aan staart liggen met de kop naar het water .Van der Waalsbindingen BLZ 128-129 LEREN. kan gebonden zijn aan esters of amiden (geioniseerd) . Spontaan opnieuw vouwen 2. restgroep. zijn optische isomeren in D en L vorm Enzym = katalysator Oligosacharides: korte ketens aminozuren Polysacharides: lange ketens aminozuren BLZ 112-117 LEREN H3: Proteins Eiwit = aminozuren aan elkaar dmv peptide bindingen (polypeptides) Polypeptide “ backbone”= herhalende stuk (hydrofiel) Side chains: phi (N-C) en psi (C-C) De vouwing van een eiwit gebeurt door zwakke noncovalente bindingen . Gaat terug naar zijn oorspronkelijke vorm Moleculaire chaperonnes = speciale eiwitten die vaak helpen bij de eiwitvouwing Code CD-rom: <gtga> Figuur 3-8 β-sheet = parallel of antiparallel Figuur 3-7A .

figuur 3-21 Figuur 3-36 Ligand = substantie dat op eiwit kan binden .head-to-tail = gesloten ring.head-to-head = dimeer.De verschillende domeinen zijn vaak gecombineerd met verschillende functies CD-rom code: <CAGT> Figuur 3-11 1. ZO worden eigenschappen gecombineerd Figuur 3-15 Domein shuffling = verschillende domeinen worden gecombineerd.eiwit kan maar 1 of een paar moleculen binden . ontstaat een groot eiwitmolecuul . β-platen 3.α-helix = tussen elk 4e peptidebinding een H-brug van C=O van ene peptidebinding en N-H van de andere peptidebinding. klein molecuul. zodat ze om elkaar heen kunnen draaien met deze nonpolaire groepen naar binnen gericht CD-rom code: <cgga) Primaire structuur = volgorde aminozuren Secundaire structuur = eiwitten opgevouwen door α-helices en β-platen Tertiaire structuur = helix/platen zijn op bepaalde manier opgevouwen. figuur 3-20 . wat kan worden gevormd als 2 of 3 α-helices de meeste nonpolaire (hydrofoob) ketens aan één kant heeft. α-helix en β-plaat Verbonden door covalente bindingen 20n mogelijkheden. ontstaat een driedimensionale structuur Quaternaire structuur = een aantal helices/platen opgevouwen in één complex (dimeer etc) Eiwit domein = een substructuur dat onafhankelijk een compacte en stabiele structuur kan vormen . 300 aminozuren = 20300 Figuur 3-13 Overeenkomstige domeinen hebben zelfde vorm (van eiwit) en komt in meerdere eiwitten voor. In-line = N-einde en C-einde beide aan andere kant van domein Plug-in = N-terminal en C-terminal vlakbij elkaar Figuur 3-37 Binding site = een eiwitoppervlak dat kan reageren met een ander molecuul door noncovalente bindingen Protein subunit = binding site reageert met oppervlakte van 2e eiwit.Kan door elk deel van polypeptideketen . O-H maakt H-brug Figuur 3-9 Coiled-coil = stabiele structuur.ion. ander eiwit (macromolecuul) . waardoor verschillende eiwitten ontstaan. α-helices 2.

- gebonden door noncovalente bindingen De activiteit van aminozuur zijtakken van eiwitten worden verhoogd door reactie van chemische buurgroep op eiwit oppervlak 1.De bindingsreactie gaat direct naar de katalyse -> reactie gaat sneller o Activeringsenergie BLZ 162-163 LEREN Figuur 3-52 1.Laag Km: maximale katalysator snelheid . 3-38) a. Kan de hoeveelheid reactie bepalen of reactief worden als het niet reactief was (fig. Sterke H-bruggen 2. Helix – helix = “ coiled-coil” 3.Bindt aan antigen Sterkte van de binding bepaalt door de evenwichtsconstante (K) .Hoog Km: zwakke binding. Surface – string 2. Maken en breken van covalente bindingen Figuur 3-40 Eiwitten kunnen binden aan andere eiwitten 1.Katalysator: enzymen zijn beter dan katalysorische antilichamen Figuur 3-51 E + S -> ES -> EP -> E + P (EP naar E+P door knipenzym) Turnover number = maximale snelheid gedeeld door de enzym concentratie Km = concentratie van substraat bij ½ Vmax . Binding van enzym aan substraat -> negatieve en positieve lading. dat gunstig is voor de reactie 3.Dissociatie : AB -> A + B o Koff x [AB] .Geproduceerd door immuunsysteem . Surface – surface = meest voorkomend Antilichamen = immunoglobine . Bepalen de toegang van watermoleculen naar ligand binding-site a. laag-> sterke binding Voordeel snelle reacties door enzymen: . Enzym bindt aan 2 substraat moleculen 2.Associatie: A + B -> AB o Kon x [A] x [B] .Laag concentratie: enzym bindt sterk aan substraat . Enzym buigt substraat molecuul .Evenwicht: associatie + dissociatie o K= [AB]/([A] + [B]) Figuur 3-50 Enzymen maken of breken covalente bindingen .

142 H-bruggen tussen eiwitten met elke nucleosoom .Coenzym = organische verbindingen die enzym nodig heeft om bepaalde reactie te kunnen uitvoeren (cofactoren) α-aminozuren: carboxyl en aminogroep aan zelfde C-atoom β-aminozuren: carboxyl en aminogroep aan naast elkaar gelegen C-atoom H4: DNA.Histonen: eerste chromosoom vouwing: nucleosoom . dan vormen 2 H3-H4 dimeren een tertrameer. overerving: bij kind weer aan geschakeld Genetische overerving = gen blijft uitgeschakeld Heterochromatine: sterk opgevouwen. chromosomes and genomes 3’ suiker – fosfaat 5’ base 3’: suiker. tussen 2 van deze beads-on-a-string vorm zit linker-DNA (DNA zonder eiwitten) Histone fold: 3 α-helices met 2 loops . samen met 2 dimeren H2A-H2B vormt het een octameer .Nonhistone chromosomal proteins Figuur 4-23 8 histonen binden om één nucleosoom. OH-groep 5’: fosfaat.Tijdens deze fase worden de chromosomen gelabeld Karyotype = chromosomen in mitose weergegeven Eiwitten die DNA binden: .Alleen als barrière er niet meer is door fout in slicing -> vormt heterchromatine .> vormt kern om nucleosoom . inactief Euchromatine: bevat de actieve genen Figuur 4-37 Position effects: activiteit is afhankelijk van hoe dichtbij het gen bij heterochromatine ligt.Eerst: H3-H4 en H2A-H2B. groepen met covalente bindingen aan vastgezet dat de vorm en functie van de chromatide regelt Figuur 4-35 Epigenetische overerving = in vader/moeder wordt gen uitgeschakeld. PO4 Driedimensionale structuur: helix vorm De 2 strengen liggen antiparallel: 5’-> 3’ en 3’ -> 5’ Template: één DNA streng die wordt gebruikt van kopiëren van DNA Chromatine = complex van DNA en eiwitten Homologe chromosomen = moeder en vader chromosomen samen Mitose: chromosomen zichtbaar .Elke histoon van de kern heeft een N-einde staart wat uit de kern steekt. .

Figuur 5-16 en 5-17 c. ATP -> ADP + P a. één lang stuk DNA Lagging strand: vele primers. komt niet in de geslachtscellen . enkelstrengs b. .Gaat op DNA liggen en maakt primer Figuur 5-13 Speciale DNA repair systeem vervangt RNA primer door DNA. korte stukjes DNA Figuur 5-11 DNA primase maakt RNA primers door middel van ribonucleoside triphosphates. 2 domeinen a. omdat een enzym niet én een reactie kan starten en efficiënt zijn bij zelf-correctie Figuur 5-19A 1. want na verwijderen van foute nucleotide is er geen fosfaatgroep meer om te binden Leading strand: 1 primer.> gelezen door code-reader complex Figuur 4-45 en 4-46 Code-reader-writer-complex Purifying selection = selectie dat individuen verwijdert die mutaties draden dat zich bemoeid met belangrijke genetische functies H5: DNA replication. Single-strand DNA binding (SSB) proteins: helix destabilizing proteins. Lagging en leading strand 2.RNA polymerase heeft geen primer nodig om te starten Groei van 3’ naar 5’ onmogelijk. Figuuur 5-14 en 5-15 d. Gaat om één streng heen c.Figuur 4-47 Barrière: Heterochromatine || euchromatine 3 soorten barrières. DNA ligase enzym koppelt de Okazaki fragmenten aan elkaar door middel van ATP -> ADP. Maakt single stranded DNA recht en vormt nieuwe streng b. Repair and Recombination Somatic cells = lichamelijk cellen Okazaki-fragment = kort DNA fragment op de lagging strand Exonudeolytic proofreading = checken of nucleotiden goed zijn ingebouwd bij de primer-eind Bij maken van RNA hoeft niet precies gecontroleerd te worden. Lagging strand . kan uitgeschakeld worden door mutatie Histone code bepaalt of DNA wel/niet actief is . Maakt van dubbelstrengs. ADP + OH -> AMP Bij DNA primer ipv RNA primer ontstaan er enorm veel fouten in kopiërende streng. DNA helicases: door hydrolyse van ATP verandert de vorm van eiwit dat het eiwit toestaat te gaan werken.

5-23. DNA kan nu draaien b.Nucleotide ingepast -> octomeer: tetrameer.Figuur 5-18 Sliding clamp: houdt de polymerase op het DNA als het aan het voortbewegen is Clamp loader: bindt de sliding clamp aan DNA polymerase dmv hydrolyse met ATP Strand-directed mismatch repair: proofreading systeem dat replicatiefouten verwijdert die gemaakt zijn bij polymerase en gemist zijn bij de proofreading exonuclease. Knipt DNA backbone open door de phosphodiester binding te breken a. H3-H4 en 2 dimeren H2A-H2B . stuk wordt eruit geknipt en opnieuw aangemaakt Figuur 5-22. => lagging strand! o Vanaf primer op telomerase gedeelte naar gekopieerde streng .Telomerase is alleen in stamcellen. een andere dubbele helix kan door de andere heen en helix 1 wordt weer hersteld.Gebeurt op plek dat makkelijk open kan: A-T binding. 5-24 DNA topoisomerases 1.Telomerase zorgt dat kopie van DNA niet korter wordt . Maakt een double-strand break in de helix door enzymen.Als primer wordt weggehaald is er geen OH-groep om DNA te verlengen . Remmer type II: cytostaticum Figuur 5-25 Replication orgins: plaats waar DNA helix wordt geopend voor replicatie . andere eiwitten in interfase Als DNA verdubbeld is: meer histonen nodig .H3-H4 reageert met oude/nieuwe dimeren tot octameren Histone chaperonnes: bindt de histonen aan nucleosomen Figuur 5-41 Telomeer heeft repeat unit gggtta . Figuur 5-20 Fout in nieuw gemaakt DNA. Herstellen 2. deze binding heeft maar 2 H-bruggen ipv 3 H-bruggen Figuur 5-27 DNA radioactief labelen = autoradiography Histonen worden gevormd in S-fase. zodat primer daar kan binden en de te vormen DNA streng zijn oorspronkelijke lengte houdt. a.Telomerase maakt template streng langer. geslachtscellen en primaire cellen H6: How cells read the genome: DNA-> protein DNA->RNA-> eiwit DNA replicatie -> DNA repair -> RNA synthesis -> eiwit Transcriptie = maken van RNA (kopie van stukje DNA) Ribose = OH Deoxiribose = H .

Dit is omdat de translatie niet zo precies hoeft als bij DNA replicatie mRNA = kopie van genen die aminozuur volgorde voor eiwitten bevat. structureel gelijk. Polymerase II moet handelen met ingewikkeldere vormen van ingepakte chromatine structuur General transcription factors = helpt eukaryoot RNA polymerase goed op promoter te plaatsen.Kern enzym losgemaakt van terminator.RNA-polymerisatie kan starten zonder primer. Veel eiwitten -> general transcription factors 2.Terminator laat polymerase stoppen en maakt RNA los van DNA .Nucleotiden worden geplaatst (+/.Promoter = tata-box o THIIF bindt aan tata-box.Als polymerase holoenzym bij promoter (startcode) komt bindt polymerase aan DNA . verschillend: 1. 2 DNA strengen uit elkaar halen en verwijderen van RNA polymerase van promoter zodat het gaat verlengen Figuur 6-16 Eukaryote transcriptie . III. . II. dat een holoenzym vormt. terminator wel Doordat er iedere keer maar één promoter is kunnen er niet 2 strengen als template dienen!! Figuur 6-16 Transcriptie: eukaryoten .Één RNA molecuul Figuur 6-11 Transcriptie prokaryoten RNA polymerase holoenzym: σ factor en kern-enzym .Één van beide DNA-strengen vormt de template streng . opent de dubbele helix (geen ATP nodig) .Transcription initiation complex: tata-box met TFIID en RNA-polymerase II en andere factoren o TFIID bevat helicase als subunit o Staart RNA polymerase II = CTD . begin transcriptie . Prokaryoot polymerase heeft één eiwit nodig (σ factor) voor transcriptie -> polymerase II. dan reageert het met een vrije σ factor. a.Vertelt waar transcriptie moet beginnen .Kern enzym verbreekt verbinding met promoter DNA.Polymerase II lijkt op prokaryoot. Het heeft een AAAAAAA-staart Transcription unit = elk transcriptie segment (DNA) dat informatie draagt voor één gen (eukaryoot) .RNA polymerase I.Polymerase holoenzym bindt aan promoter. vertalen verschillende typen genen . transcriptie opnieuw Consensus nucelotide sequence = vergelijken van volgordes met dezelfde basis functies en tellen van de meest gebruikte nucleotide dat gevonden is op elke positie Promoter komt niet in RNA. RNA te maken.10) . verzwakt verbinding met σ factor en begint te bewegen over DNA.

Exonskipping Poly-A-staart is voor bescherming zodat het niet wordt afgebroken als het RNA in het cytoplasma komt (door nucleosomen).Kost ATP! . heeft aan 3’ einde een OH-groep .Introns en exons worden vertaald naar RNA . wordt er een poly-A-staart aan het RNA gekoppeld .Guide-RNA’s .Vormen de kern van spliceosome o RNA en eiwitten die pre-mRNA splicing uitvoeren Mogelijke fouten bij splicing . Figuur 6-34A U2-type spliceosome = 2e vorm van snRNP Figuur 6-35 Abnormale RNA aflezing exon/intron Figuur 6-40 Kernporie complex.Herkent nucleotide volgorde waar splicing nodig is en helpen mee met splicing .Alternative splicing = meer eiwitten gemaakt door één gen door verschillende manieren binden van exonen AG | GU Exon intron A |G exon intron Figuur 6-29 snRNP (= small nuclear RNA) . “nuclear pore complex” (van kern naar cytosol) .Vrije OH-groep van exon reageert met begin van volgende exon.Adenine van intron knipt de fosfaatgroep aan 5’ door . De CAP zit aan de andere kant (aanwezig bij transcriptie) => ook voor bescherming zodat RNA niet afgebroken wordt.- - Transcriptional activators (fig 6-19) moeten gebonden worden aan specifieke volgorde van DNA en RNA-polymerase II helpen te starten met transcriptie o Enhancer = bindingsplaats voor activator eiwit Mediator is nodig om activator te laten communiceren met RNA-polymerase II en de general transcription factors RNA splicing .Sca-RNA’s =small Cajal RNA RNA –> translatie -> eiwit .Grote moleculen door actief transport snoRNP’s (= small nucleolar RNA’s) .Intron in vorm van ‘lariaat’ blijft over.Pre-mRNA-splicing .Cryptic splicing = deel exon 2 wordt aan exon 1 geplakt => als RNA gesplitst is.Kleine moleculen door diffussie . OH-groep bindt aan exon .

Grote subunit verplaatst. dat afhangt van waar het proces begint tRNA (transfer) . EF-G geplaatst 4.Figuur 6-51 Meeste aminozuren hebben meerdere codons om voor een aminozuur te coderen . Peptide binding wordt gevormd 3. .Anticodon: 3 nucleotiden dat past bij complementaire codon van mRNA . Gekatalyseerd door peptidyl transferase .tRNA o A-site (rechts) o P-site o E-site (links) Figuur 6-66 en 6-67 Translatie 1. nucleotide verwijderd C-terminal-einde bindt aan N-terminal-einde en vormt een peptidebinding tussen 2 aminozuren rRNA (is ribosomaal RNA) . EF-G verwijderd (GTP->GDP) a. . tRNA binding op A-site door elongation factors (EF-T4). verkeerd ingebouwd .RNA volgorde heeft 3 reading frames. GTP->GDP 2. Kleine subunit verplaatst.Meer mogelijkheden codons voor aminozuren Aminoacyl-tRNA synthetases = koppelt elk aminozuur covalent aan een tRNA molecuul.Aan 3’ einde van t-RNA koppelt een aminozuur o Kost ATP Figuur 6-53 Wobble codon base = het 3e base kan anders zijn.Bij bacteriën koppelt elk synthetase meerdere soorten aminozuren Figuur 6-59 Proofreading. dan stopt de translatie (door release factors) Ribosoom binding-sites .Grote subunit en kleine subunit o Grote subunit katalyseert de vorming van peptidebindingen tussen aminozuren o Kleine subunit vormt frame waar tRNA geplaatst wordt op codon van mRNA Als stopcodon wordt ingevoegd op tRNA.Herkennen en binden aan codon en aan de andere kant aan aminozuur .mRNA .Vorm van klaverblad .Initiator tRNA = methionine (AUG) dat de translatie start .Ribozym Ribosoom (=ribozym) = complex van meer dan 30 eiwitten .Elk zuur aminozuur heeft andere synthetase .Onderdeel van ribosoom en katalyseert de reactie die de eiwitketen verlengt .Editing site.

translatie begint. dan wordt er tmRNA op de A-site geplaatst.Dit stuk heet 11-amino acid tag Sommige eiwitten vouwen spontaan.eiwit ontbonden en alles valt uit elkaar . Correct 2. UGA) Eukaryoten .scanningsmechanisme Prokaryoten hebben ribosome-binding sites en beginnen niet vanaf 5’ = polycistronisch . nadat ze van ribosoom komen (begint N-eind) . waardoor ribosoom verder kan met translatie.maakt een ketting van ubiquitins.> BSE . als mRNA gebroken/niet compleet is. Nonsense-mediated mRNA decay = verwijdert kapotte mRNA. UAG. Bij bacterien.- Initator tRNA-methionine complex (Met-tRNAi) is eerst gekoppeld aan subunit eucaryotic initation factors (eIFs) -> P-site Small ribosomal subunit bindt aan 5’ einde mRNA eIF4E en eIF4G worden gebonden Small ribosomal subunit beweegt over mRNA op zoek naar AUG Ribosoom large subunit wordt gebonden tRNA op A-site wordt toegevoegd.voorbeeld van molecular mimicry = een type van macromolecuul. Incorrect => hsp60  Herstelt H-bruggen/vouwing => kost ATP  Meer hsp60 bij hogere temperatuur 3. kost ATP 1. Afgebroken door proteasome => binding kapot => lange eiwitstreng in proteasome => afgebroken (figuur 6-90 en 6-91) Figuur 6-92 en 6-94 Ubiquitin => maakt een covalente binding aan lysine (of ander eiwit) => . Protein aggregate = ophoping van eiwitten (amyloïd) o Prion diseases .geen scanningsmechanisme vanaf 5’ Stopcodon op mRNA wordt gebonden door release factors (A-site) . waardoor hij kapot gemaakt wordt door proteasome 4.monocistronisch .Molton globule => eiwit Meeste eiwitten hebben chaperonnes nodig om te vouwen . .Heat-shock-proteins . voordat het in eiwit wordt vertaald. lijkt op de vorm van chemisch molecuul dat er niets mee te maken heeft Translation recording = AUA heeft ander aminozuur in mitochondria dan cytosol of bacterie vertaalt aminozuur anders dan mens Translational frameshifting = staat meer dan één eiwit die door hetzelfde eiwit gemaakt is toe.Hsp70: vouwt eiwit correct op. figuur 6-72 (gestopt door stopcodon (UAA.

ionbinding. omdat de oppervlakte van het eiwit complementair is aan de oppervlakte van de dubbele helix. kissing hairpins.Voorbeeld: pseudoknot. Voorbeeld: fosfolipiden .Voorbeeld: hairpinloop. 2 α-helices verbonden met korte streng aminozuren (“turn”)  Bindt als symmetrische dimeren  C-terminal helix past in major groove  Aminozuurstreng herkent de DNA-volgorde waar de eiwit moet binden . three-slem junction etc . protein activity control De eerste stap is de belangrijkste stap van controle bij meeste genen Gene regulatory proteins = zet specifieke genen aan of uit . mRNA degradation control 6. Helix-turn helix a. hairpin loopbulge contact Ribozym kan RNA knippen Amfifiel = aan de ene kant hydrofoob en aan de andere kant hydrofiel.Anders gevouwen = andere functie Interacties tussen RNA . hydrofobe interacties o Samen erg sterk.  DNA eiwit binding beste en specifiekste binding die bestaat Figuur 7-10 DNA-binding-eiwitten => gebruikt bij gen regulatie 1. RNA processing control = splicing/processing RNA 3. Af te lezen in de major en minor groove b.Vormen bi-laag in water (plasma membraan) H7: Control of gene expression Figuur 7-5 Control of gene expression 1. . Translation controll 5.Totaal overzicht figuur 6-97 Figuur 6-101 Secundaire structuur RNA . H-atoom 4. Transcription control = hoevaak een gen gekopieerd wordt 2. Methylgroep a.H-bruggen. alleen niet.buitenkant van dubbele helix zit DNA volgorde die gene regulatory proteins kunnen lezen zonder de helix te openen 1. Major groove heeft meer diversiteit dan de minor groove => gene regulatory proteins maakt alleen contact met major groove!! Short DNA sequences zijn belangrijke componenten bij genetische veranderingen Gene regulatory protein herkent een stuk DNA. H-bond donor 3. RNA transport and localisation control = export ja/nee 4. H-bond acceptor 2.

Helix-loop-helix (HLH) motif. 2 helixen vormen samen een korte coiled-coil b. Hoeft niet per se Cis-Cis-His-His te binden = voorbeeld  Gebruiken α-helix om major groove te herkennen. Kort α-helix verbonden door loop naar een 2e langer α-helix. Herkent bepaalt stuk DNA  Homodimeer = 2 dezelfde subunits.Electrisch veld: negatief geladen (= DNA) en loopt naar positief geladen . Zinc fingers: 1 of meer zinkatomen binden aan Cis-Cis-His-His a. figuur 7-20  Heterodimeer = 2 verschillende subunits. “wasknijper”. p53 3.Is alleen actief als tryptophan repressor bindt op operator. Voorbeeld van combinatorial control = > combinatie van verschillende eiwitten regelen celproces 4. kunnen 2 verschillende stukken DNA herkennen. behalve dat deel dat beschermt wordt door eiwit 2. Kolom met matrix met specifieke volgorde 4.Doordat het radioactief gelabeld is kan er onderzocht worden Figuur 7-28 DNA affinity chromatography => waar eiwit bindt 1. Zout-wash verwijdert eiwitten die niet aan DNA binden 3. Tryptophan repressor 2. Helix turn helix komt het vaakst voor in genregulatie eiwitten 1. figuur 7-23 a. Helix bindt aan DNA en aan de HLH-motief van het 2e HLH eiwit  Homodimeer  Heterodimeer Figuur 7-27 Gel mobility shift assey => waar eiwit bindt . waardoor gen uitgeschakeld wordt . Leucine-zipper motif.De eiwitten die aan DNA gebonden zijn veroorzaken de snelheid waarmee ze door de gel lopen (electroforeses) o Kleine eiwitten => lager in de gel (bij positief) o Grote eiwitten => hoger in de gel (bij negatief) . Dit op DNA gel => grote fragmenten boven in gel. Kolom met matrix 2. Zout-wash verwijdert eiwitten die niet aan die specifieke volgorde binden Figuur 7-29 DNA-footprinting = precieze plek waar eiwit aan DNA bindt 1. Enzym/chemische stof dat DNA knopt. CAP-fragment 2. dan een stuk niets (deel dat beschermd is door eiwit) en kleine fragmenten onder in gel Phylogenetic footprinting = identificeert DNA door genoom => gebied waar volgorde vaak voorkomt => bindingsplaats van eiwit Figuur 7-35 en 7-37 In promoter zit een operator . Blijven bij elkaar door interacties tussen hydrofobe aminozuurstrengen c. voorbeeld: binding tussen α-helix en β-plaat  Er zijn ook β-platen die major groove kunnen herkennen met repressor  Loop-stucture. figuur 7-19 a. b.

Negative control  Direct splicing  Respressor: geen splicing b.Laser capture microdissection = knippen van groep cellen door laser Primary culture: culturen die gemaakt zijn uit weefsel van organisme Secundary culture: cellen verwijderen uit primary culture en reculturen. DNA en RNA Meest gebruikte manier om cellen van elkaar te onderscheiden = antilichaam gekoppeld aan een fluorescerende label. 7-93 en 7-96 Post-transcriptional controls: controle na de transcriptie 1.Snelle onderdelen boven in .Langzame onderdelen vormen onderin een pellet Figuur 8-10 Welke onderdelen bij welke snelheid een pellet vormen . Alternative RNA splicing => verschillende polypeptiden maken van hetzelfde gen a. Centrifuge: scheiden cellen . Transcription atlenuation: expressie blokkeren 2. las repressor op operator CAP alleen actief met cAMP. Riboswitches: bind op kleine moleculen. figuur 8-2 .Kan RNA polymerase stimuleren door het dichtbij brengen van NtrC op operator naar RNApolymerase Bij eukaryoten veel ingewikkelder -> laatste dia Figuur 7-92. mRNA 3.- Bindt aan buitenkant van major groove Negatieve regulatie => genen off o Gene repressor proteins Positieve regulatie => genen on o Gene acgtivator proteins o CAP-fragment (helix-turn-helix motif) o Gebruikt kleine cofactor om te binden (tryptophan ook) Figuur 7-39 Lac operon => geen lactose.2 operators binden dmv lac repressor => versterkende werking op remming van transcriptie .Antilichaam bindt aan specifiek celtype => in fluorescence-activated cell sorter worden gelabelde cellen gescheiden van ongelabelde cellen . Positive control  Geen splicing  Activator: wel splicing H8: Manipulating Proteins. bijv. CAP moet binden voor transcriptie cAMP bindt alleen als glucose laag is DUS: bij glucose laag en lactose hoog is er alleen transcriptie!! Figuur 7-40 en 7-42 DNA looping .

Interactie met substraat => langzaam. Histidine bindt aan metaal ionen 2.Eiwitten worden negatief gelabeld door SDS -> alle eiwitten lopen van negatief naar positief . negatief gaat langzaam door kolom 2.β-mercaptoethanol wordt toegevoegd om S-S bindingen in eiwitten te breken .Eiwitten worden het vaakst gescheiden in fracties door deze methode .Eiwitten scheiden op grootte (alle soorten) . GST bindt aan fusion protein 2. Affiniteitschromatografie 1.Onderste bak = positief. Gelfiltratie chromatografie 3. klein langzaam beneden 3. Ion-uitwisselaar chromatografie 2. Het antilichaam herkent de eiwitten en scheidt ze van de rest Histidine tag => scheiden eiwit (epitope) 1. Bij affiniteitschromatografie worden de eiwitten selectief vastgezet door de metaal ionen Figuur 8-16 GST-tag => scheiden van eiwit (epitope) 1. grootte eiwitten lopen langzaam door gel . Eiwit kan geïsoleerd worden door de eiwitten die reageren met binnenkant van de cel Tag-tagging => binden aan aminozuur volgorde Figuur 8-18 SDS polyacrylamide gel-elektroforese (SDS-PAGE) . Positief gaat snel door kolom.Figuur 8-11A Velocity sedimentation = na centrifuge vormen de verschillende componenten banden in de mix Figuur 8-11B Equilibrium sedimentation = banden worden gevormd doordat onderdelen naar benenden zakken tot dat ze hun eigen concentratie hebben bereikt Figuur 8-12 Kolom chromatografie .Kleine eiwitten lopen snel door gel.Eiwitten kunnen gescheiden worden op lading. geen interactie => snel beneden Bij 1 en 2 meerdere kolommen gebruiken om activiteit van eiwit te bepalen Bij 3 vormt eiwit interacties met matrix waardoor activiteit van eiwit direct zichtbaar is Epitope wordt herkend door antilichaam.Eiwitten in oplossing lopen door kolom met matrix => eiwitten worden gescheiden door interacties met matrix => verzameld worden als ze uit de bodem van de kolom lopen Figuur 8-13 Typen matrix 1. hydrofoobheid. grootte of mogelijkheid tot binden aan kleine moleculen/macromoleculen . Bij affiniteitschromatografie bindt substraat aan GST 3. Bovenste bak = positief . Groot snel beneden.

negatief loopt naar positief  Bij isoelektrisch punt heeft eiwit geen lading en geen beweging meer op elektrisch veld. . isotoop of kleur Figuur 8-21 Massa spectrum => identificatie eiwit 1. antilichaam koppelt aan eiwit. 5’ einde labelen met 32P door polynucleotide kinase 3. Isoelectric focusing => scheiden op lading  Lage pH => eiwit positief  Hoge pH => eiwit negatief  Positief loopt naar negatief. SDS polyacrylamide-gel electroforese Figuur 8-25 Surface plasmon resonance (SPR) . na SDS de gel overbrengen op nitrocellulose papier ( of tweedimensionaal) 2.Scheiden op grootte én lading 1. Phage vector in DNA van bacterie 2. Hexanucleotides als primer (plakt wel ergens) gelabelde nucleotides toevoegen a.Inzicht krijgen van associatie en dissociatie van eiwit => onderzoeken eiwit interacties Phage display: eiwit reacties onderzoeken 1.  Elk eiwit loopt naar isoelectrisch punt 2. knippen ven eiwit door enzym 2. specifiek antilichaam gekoppeld aan enzym. Probes die gekoppeld zijn met antilichamen .Figuur 8-20 Western blotting => eiwitten scheiden 1. Stukje DNA koppelen aan phage vector => fusiegen a.Eiwitmoleculen bewegen links/rechts en boven/beneden . vergelijken me data-banken a. MALDI-TOF => eiwitten eerst gebroken in kleine peptides Figuur 8-22 en 8-23 Two dimensional gel elektroforese .Blund ends: op dezelfde plek .Sticky ends: verschillende plek o Enkelstrengs DNA dat overblijft = cohesive ends o Restrictie fragmenten kunnen samenvoegen Figuur 8-34 Methoden om DNA te labelen 1. Hexanucleotide kan ook gelabeld zijn 2. onderzoeken eiwit interacties Xray kristallografie: driedimensionale structuur eiwit ophelderen Recombinant DNA technologie Fguur 8-31 en 8-32 Restriction nucleases (=restrictie enzym): knipt het DNA door speciale nucleotide volgorde. op massaspectrummeter gescheiden op massa en lading 3.

mRNA koppelen met poly-T-primer (aan poly-A-staart) 2. Primers toevoegen. Op exacte gen => hoge condities 2. exon.Hybridization = enkele strengen vormen opnieuw dubbele helixen Probe = radioactief gelabeld DNA Figuur 8-36. . Gel transfer hybridization  Probe bindt aan enkelstrengs DNA Figuur 8-38 Northern blotting = mix van enkelstrengs RNA moleculen Southern blotting = mix van dubbelstrengs DNA fragmenten gemaakt door restriction nuclease behandeling Figuur 8-39 DNA cloning: isolatie van deel van DNA.Bacterie vermenigvuldigd => DNA isoleren . Genen die lijken op exacte gen => minder hoge condities a. complementair DNA kopie met reverse transcriptase 3. 72 °C DNA polymerase + nucleotiden toevoegen Figuur 8-45B De primer start kopiëren en gaat door tot na de complementaire primer. Na 3 rondes ontstaan stukjes van wat je wilt hebben. Plaats intron bepalen b. 50-65 °C 3. cDNA mist einde 5’ => kan niet gekopieerd worden => hier zit de primer Genoombank DNA => bevat alle info op het genoom (intron. 8-37 en 8-38 Hybridization conditions => binden probes aan enkelstrengs DNA 1.Veel kopieën DNA Figuur 8-43 cDNA maken van mRNA 1. Door de complementaire primer wordt de complementaire streng gekopieerd. nontranscribed DNA) Figuur 8-44 Genoombank cDNA => alleen info voor exonen PCR = polymerase ketting reactie 1. dit deel kopiëren en in cellen plaatsen Figuur 8-40 Transformatie: DNA overbrengen in bacterie . RNA verwijderen => behalve 1 stukje niet (dit dient als primer) => DNA polymerase maakt dubbelstrengs DNA af a. 94-96 °C dubbelstrengs DNA denaturiseren 2. .Taq polymerase = enzymen die ervoor zorgen dat DNA niet kapot gaat Code voor CD-rom: <TACG> Om genen te detecteren of isoleren is het belangrijk dat je DNA sequentie aan begin en eind van amplificerende deel van gen bekend is.

=> hierna zijn er niet veel nieuwe genen gekomen wel ingewikkelder geworden door mutaties etc.Nieuw targets voor geneesmiddelen vaststellen . Dubbelstrengs DNA 2.Electroforese . ddGTP  Als ddATP. Elektroforese => zien waar het gebeurd is.Opsporen erfelijke afwijkingen . ddCTP of ddGTP wordt ingevoegd.DNA .Koolhydraten .Figuur 8-46 cDNA kan gemaakt worden door PCR => eerst mRNA isoleren => alleen info exonen PCR ook gebruikt ook gebruikt om . virussen .Lipiden .Dideoxy-methode => basenvolgorde DNA bepalen o Deoxyribonuleoside triphosphate: 3’ OH-groep o Dideoxyribonuleoside triphosphate: geen OH-groep  Stopt DNA synthese omdat er geen nieuwe nucleotide aan dideoxyribonuleoside triphosphate kan binden (OH groep mist) 1. Veel normale nucleotiden b. ddCTP.Vntr-loci = variabele number of tandem repeat loci . 4 andere ddATP. dan stopt de synthese 4. voor dubbel DNA 6 reading frames Humane genoom project .Ziekten aan te tonen . ddTTP.Nucleinezuren (nucleotiden) .Genetische ziekten. Figuur 8-52 Voor enkel DNA 3 reading frames. Primer => labelen (oligonucleotide primer) 3.Fingerprint bij politie Fingerprint: . Macromoleculen: .Eiwitten . Synthese a.Cellen uit bloed te isoleren. DNA isoleren => PCR .Suikers (polysacharides) .Aminozuren .Opsporen individuele verschillen in reactie op medicijnen Cambrian Explosion: periode waar veel differentiatie plaats vond => 36 van de 37 diergroepen ontstaan.Zijn uniek per persoon Figuur 8-50 DNA sequencing: basen .RNA .Primers bij vntr gebieden . ddTTP.

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->